企业因管理不善导致存货霉烂变质其进项税额不得抵扣，应做进项税额转出，但进项税额转出部分可以在税前扣除。

按照《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十七条的规定，

存货报废、毁损或变质损失，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：

 (一)存货计税成本的确定依据;

 (二)企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料;

 (三)涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明;

 (四)该项损失数额较大的(指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上)，应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。

根据《国家税务总局关于取消20项税务证明事项的公告》（国家税务总局公告2018年第65号）规定，取消的税务证明事项目录（共20项），其中第3项：企业向税务机关申报扣除特定损失时，需留存备查专业技术鉴定意见（报告）或法定资质中介机构出具的专项报告。

值得注意的是，企业因管理不善导致存货霉烂变质其进项税额不得抵扣，应做进项税额转出，但进项税额转出部分可以在税前扣除。

从会计核算的角度来讲，按管理权限报经批准后，根据造成存货盘亏的原因，分别以下情况进行处理：

(一)属于计量收发差错和管理不善等原因造成的存货短缺，应先扣除可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入管理费用。

 (二)属于自然灾害等非常原因造成的存货毁损，应先扣除可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入营业外支出。

来源：建筑财税频道